一是范圍不同。土壤三普對象是全國耕地、園地、林地、草地等農用地和部分未利用地的土壤。其中，林地、草地中突出與食物生產相關的土地，未利用地重點調查與可開墾耕地資源潛力相關的土地，如鹽堿地等。調查面積約為陸地國土的76％。國土三調對象是我國陸地國土。
二是目的不同。土壤三普目的是查明全國土壤類型及分布，全面查清土壤資源現狀和變化趨勢，掌握土壤質量、土壤健康等基礎數據，實現對土壤的“全面體檢”。國土三調目的是全面查清某一時間節點全國土地資源數量及利用狀況，掌握真實準確的土地利用狀況基礎數據。
三是內容不同。土壤三普是對土壤理化和生物性狀、土壤類型、土壤立地條件、土壤利用情況等的普查。國土三調是對土地利用現狀及變化情況、土地權屬及變化情況等的調查。
四是方法不同。土壤三普是調查采集表層土壤樣品，挖掘土壤剖面、采集分層土樣，分析化驗土壤理化性狀等，是三維立體式調查。國土三調是在第二次全國土地調查利用類型圖基礎上，通過遙感影像對土地利用現狀進行判讀，實地調查核實變化土地的地類、面積和權屬，是二維平面式調查。